От удара одна цистерна разгерметизировалась, и 300 квадратных метров территории были залиты токсичным веществом - метилэтилкетоном.
Авария не представляла опасности для людей, потому что ближайшие дома находились в 200 метрах от станции, а ветер дул в противоположном от жилья направлении. На место происшествия выехали два отделения себежских пожарных, которые быстро нейтрализовали вытекшее из цистерны вещество воздушно-механической пеной. Около шести утра на станцию прибыл пожарный поезд из Великих Лук. Обработанный пожарными грунт был собран и утилизирован в безопасном месте.
В Главном управлении МЧС по Псковской области все это время работал оперативный штаб по ликвидации последствий разлива метилэтилкетона. К двум часам дня авария была полностью устранена, и ближайший поезд проследовал через станцию Себеж согласно расписанию.